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大知波峠廃寺跡は、平安時代末期に栄えた山寺の跡地です。昔から山仕事をする地元の人々には、池跡やその周りに石垣の一部が露出していたことから、何か建物跡があるといわれていました。しかし、古文書や伝承はなく、いつ、誰が、何のために建てたのかまったくわかりませんでした。
平成元年（1989）から湖西市教育委員会によって調査が行われました。調査を行うにつれて、人工的な平坦面が数多く発見され、当初予想されていたものよりも大規模な寺跡であることがわかりました。発掘の際に多量の陶器も出土し、その中に墨で「寺」と書かれた陶器があったことから寺院であることが確実となりました。