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隣海院は永享八年（1436）真達将公和尚の開山とされていて、日ヶ崎に建立されたことから日ヶ崎隣海院と称した天台宗の寺でした。明応の災害で流出し、新居に移されたと伝えられています。しかし、慶安元年（1648）新福寺三世進外能迪和尚を開祖と仰ぎ、曹洞宗に改めました。宝永四年の災害で諸堂のすべてが流出し、翌年現在地に移り日ヶ崎山を新居山に改めました。文化七年（1810）に火災に遭い、翌八年に庫裡、文政二年（1819）に本堂を再建しています。山門は宝永年間建立の四脚門で、梁上に「ジキジキ」と呼ぶ憤怒像の彫刻があり、参詣者の邪心を祓うと言われています。