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清源院の創建は嘉永六年（1853）の火災によって古記録を失い、定かではありませんが、神亀年中（724～728）の創立といわれています。

数々の説話

二宮神社とは別にこの寺にも短蛇さまが祀られ、短蛇大権現と称されています。昔、嵐の夜になると田畑を荒らすため村人に恐れられていた短蛇大権現を四世峯山宗雪禅師が経力によって大きな甕の中に封じ込めて祀ったという大甕が本堂内陣横に祀られていて、承応四年（1655）に当地に大干ばつがあったときに、九世祥雲師厳和尚が短蛇大権現に雨乞い祈祷を行うと、たちまち雨が降り出して村人を救ったと伝えられています。また境内に祀られている鯖地蔵は、弘法大師が里人にものを粗末にしてはならないことを教えるための行跡によるもので、たまたま道端に捨てられていた鯖を弘法大師が海に放つと生き返ったという伝説にもとづく地蔵像で、手に鯖をぶらさげています。