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本果寺はもともと真言宗の寺でしたが、元中七年（1390）に法華宗に改宗し、本果寺に改めました。天正二年（1574）に徳川家康から徒役免除及び朱印四石五斗の判物を与えられました。山門は黒塗りの医王門で、乗馬のまま通行できることから武家用門ともいわれています。明治元年（1868）、有栖川宮東下にあたり祈願寺とされました。