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普門寺は康安元年（1361）の開創とありますが、その由緒や変遷について詳しいことはわかっていません。文禄三年（1594）西嶽全正和尚の代に現在地に移転し、正保二年（1645）に清源院三世大川梵益大和尚が本堂を再建したので開山と仰いでいます。山門は貞享三年（1686）に建てられた薬医門です。