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新福寺はもと天台宗の寺で、創設年代・由来は不詳ですが真達公の開創と伝えられています。
天正元年（1573）に三ヶ日金剛寺の直伝竜察和尚がこの地に至り、曹洞宗に改め、草創開山となりました。慶長元年（1596）三ヶ日金剛寺吉山宗豚和尚を請待して開山と仰ぎ、慶長十八年（1613）初代荒江（後の荒井＝新居）代官彦坂文右衛門の帰依により、諸堂の改修が行われました。
宝永四年（1707）の大地震で諸堂が半壊しましたが、翌年、寺を現在地に移転し再興しました。